Es también una conceptualización respecto a como afecta el dolor emocional producido por el trauma psicológico en las personas, como evoluciona y como afecta a sus cuerpos.
Entre estos trastornos tratados con EMDR podemos citar los problemas de ansiedad, psicosomáticos, trastorno por estrés postraumático, dolor, dolor crónico, adicciones, trastornos de la alimentación.
Cuando nuestro cuerpo no puede resolver de forma adaptativa las experiencias perturbadoras, queda en nuestro interior una herida, un dolor emocional, que en esos momentos se solucionó como se pudo, y que permanece tapado en nuestro interior y puede volver a manifestarse más adelante impidiendo nuestro desarrollo normal o surgir de forma abrupta en forma de ansiedad, fobia, problema psicosomático, e incluso puro dolor físico. En como nos afecta a todos los niveles se puede leer en el artículo «Cómo afecta a las personas el estrés» (Sanfiz, 2004). Por ejemplo, una víctima de abusos puede saber racionalmente que no tuvo la culpa de la agresión, pero ese conocimiento no se integra con su recuerdo del suceso y las emociones producidas, y la persona puede continuar sintiéndose responsable. La intervención del terapeuta consiste en integrar los pensamientos apropiados y eliminar el dolor psíquico y físico de aquella agresión, que puede perdurar durante mucho tiempo bloqueada en nuestro cerebro.
Las imágenes resultantes de los estudios hechos con tomografía cerebral (Levin, Lazrove, van der Kolk, 1999) indican una activación en el lóbulo prefrontal cuando los sujetos recuerdan la experiencia traumática, antes del tratamiento. Después de tres sesiones de EMDR, se ve un incremento en el metabolismo del lóbulo prefrontal, que podría reflejar una actividad del lóbulo facilitando una atribución de significado a nuevos estímulos sensoriales. EMDR podría también ayudar a los pacientes a generar asociaciones entre informaciones anteriores fragmentadas y disociadas, facilitando el acceso a la información contenida en las redes mnésicas y permitiendo nuevos aprendizajes. Los recuerdos útiles son almacenados con las emociones adecuadas y quedan disponibles para ayudar a elaborar decisiones y comportamientos futuros mientras que las informaciones y los recuerdos disociados (activación excesiva, emociones desequilibrantes, creencias irracionales) quedan fuera del circuito útil.
Diversas hipótesis intentan explicar cómo el movimiento de los ojos ayuda a elaborar e integrar la información (Giannantonio, 2003): algunos estudios tempranos, a partir de los años 60, indican una correlación entre los movimientos oculares y el cambio de contenidos cognitivos (Antrobus, 1973, Antrobus, Singer 1964); un refuerzo de la memoria episódica (Christman, Garvey, 2000)¸ una disminución de la emocionalidad negativa relativa a la memoria autobiográfica (Andrade, Kavanagh, Baddeley, 1997), y una disminución en la vivencia de las imágenes de recuerdos (Andrade et al., 1997, Sharpley, Montgomery, Scalzo, 1996; van den Hout, Muris, Salemink, Kindt, 2001). Investigaciones preliminares sostienen la hipótesis de que los movimientos oculares estimulan una respuesta de orientación, o un reflejo de exploración, que estimula estados fisiológicos instintivos que pueden inhibir o modificar la respuesta de ansiedad aprendida (Barrowcliff, MacCulloch,Gray, 2001; Wilson,Silver, Covi, Foster, 1996). Recientes investigaciones neurobiológicas relacionan la hipótesis (Stickgold, 2002) de que los movimientos oculares pueden activar procesos neurológicos que imitan las funciones del sueño REM y sus mecanismos de elaboración de la información.