Entre los trastornos tratados con EMDR podemos citar los problemas de ansiedad, psicosomáticos, trastorno por estrés postraumático, depresión, dolor crónico, adicciones, trastornos de la alimentación.
Cuando nuestro cuerpo no puede resolver de forma adaptativa las experiencias perturbadoras, queda en nuestro interior una herida, un dolor emocional, que en esos momentos se solucionó como se pudo, y que permanece tapado en nuestro interior y puede volver a manifestarse más adelante impidiendo nuestro desarrollo normal o surgir de forma abrupta en forma de ansiedad, fobia, problema psicosomático, e incluso puro dolor físico.
Por ejemplo, una víctima de abusos puede saber racionalmente que no tuvo la culpa de la agresión, pero ese conocimiento no se integra con su recuerdo del suceso y las emociones producidas, y la persona puede continuar sintiéndose responsable. La intervención del terapeuta consiste en integrar los pensamientos apropiados y eliminar el dolor psíquico y físico de aquella agresión, que puede perdurar durante mucho tiempo bloqueada en nuestro cerebro.